Células Madre embrionarias: Son células madre totipotenciales y son capaces de transformarse en los diferentes tejidos del organismo, pero sólo se pueden obtener en las primeras fases del desarrollo del embrión, se deberían obtener de embriones cultivados en el laboratorio, lo cual está prohibido en muchos países y genera grandes controversias de tipo ético.
Células Madre adultas: proceden de tejidos adultos y están presentes en el organismo en todas las etapas de su existencia. Son las responsable de la renovación de los tejidos a lo largo de la vida. Son relativamente fáciles de obtener, pero tienen un menor potencial de diferenciación. Pueden obtenerse, por ejemplo, de la médula ósea, pero no son tan buenas como las células madre embrionarias.
Células Madre del Cordón Umbilical: Son células madre multipotenciales son casi tan versátiles como las células embrionarias, pero no suponen problemas éticos al no tener que destruir embriones para su obtención y tienen una serie de ventajas potenciales que todavía están siendo investigadas, porque tienen la capacidad de diferenciarse para dar origen, según las señales químicas que reciban, a células especializadas como lo son los glóbulos rojos, los glóbulos blancos, las plaquetas, las neuronas y a células del sistema inmunitario, del corazón, del hígado, del páncreas, de piel, etc.