El valor límite de AFP-SM (alfa-feto proteína en suero materno) se debe adecuar al peso de la madre. Se sabe que la diabetes y la raza también inciden en los niveles séricos de la AFP. Tanto los niveles anormalmente altos como bajos de AFP-SM permiten detectar anormalidades significativas. Suele llevarse a cabo entre las 15 y 20 semanas de gestación, ya que a partir de ese momento la concentración de AFP sérica materna aumenta según avanza la gestación. Se utiliza como valor límite 2,5 MOM (múltiplos de la mediana). Este valor se encuentra bajo en las pacientes con fetos con Síndrome de Down (Trisomía 21). El riesgo de trisomía cuando el nivel de AFP-SM es bajo es lo bastante significativo como para justificar la amniocentesis genética para determinar cariotipo. También debe realizarse una valoración ecosonográfica de tercer nivel, en los casos de alteraciones de los niveles de AFP-SM.