La selección del tratamiento para la malaria o paludismo, dependerá del conocimiento de la resistencia de la enfermedad a las distintas drogas dependiendo de dónde se haya adquirido la enfermedad. En general, el tratamiento preferido durante el embarazo es la cloroquina si no hay resistencia. Si se trata de malaria resistente a la cloroquina, quinina combinada con clindamicina es el tratamiento de elección durante el embarazo. Dependiendo de la situación en particular otras combinaciones de drogas pueden considerarse Debido a que con enfermedad severa es común el sufrimiento fetal, se recomienda un examen especial para vigilar que el feto se encuentre en buenas condiciones llamado monitoreo fetal. Mediciones de azúcar en la sangre deben hacerse frecuentemente, ya que bajas de azúcar (hipoglicemia) es común en embarazadas con malaria y puede exacerbarse con el tratamiento con quinina.